Trung Tâm Đức Mẹ Thuyền Nhân toạ lạc trên một khu đất rộng hơn 5 hecta. Đi từ cổng Trung Tâm theo đường tráng nhựa với những cây bạch đàn dọc hai bên đường, dẫn vào những khu vực đậu xe rãi rác, rồi nổi bật hơn hết là Hoa Viên Đức Mẹ Thuyền Nhân ở vị trí trung tâm toàn khu vực. Ngôi Thánh Đường rõ nét với Thánh Giá trên chóp đỉnh, cũng nằm ở vị trí trung tâm, chính giữa Khu Vực Cánh Buồm và Hội Trường Thánh Giuse và ở ngay sau Hoa Viên Đức Mẹ Thuyền Nhân.
Phần tiền đình của Thánh Đường nổi bật với một cấu trúc màu xanh dương bằng sắt có hình sóng vỗ như một nhắc nhở cho các thế hệ tương lai về lịch sử của các thuyền nhân Công Giáo Việt Nam. Họ là những người tiên phong hình thành Cộng Đồng và vẫn tiếp nối xây dựng ngôi Thánh Đường hiện có như là một nơi chốn thánh thiêng để thờ phượng Thiên Chúa và vinh danh Mẹ Maria, Mẹ của các Thuyền Nhân.
Thánh Đường bên trong có hình cánh quạt với nét văn hoá Việt Nam qua việc sử dụng các vật liệu từ tre trúc để làm nổi bật vòm của Gian Cung Thánh (GCT) có hình những tia sáng mặt trời lan tỏa từ trung tâm GCT ra tới cuối Thánh Đường. Thánh Giá Trung Tâm, Bàn Thờ, Ghế Chủ Tế, Bục Đọc Sách Thánh, hai toà tôn kính Đức Mẹ và Thánh Giuse, Giếng Rửa Tội... tất cả đều bằng gỗ màu nâu gụ, được thiết kế công phu và có màu sắc hòa hợp, không rườm rà nhưng làm nổi bật nét cổ kính và trang nghiêm của Bàn Thờ và Thánh Giá Trung Tâm.
Từ cuối Thánh Đường nhìn lên GCT, là hình ảnh Chén Thánh và Bánh Thánh được thiết kế trên vách tường trung tâm của GCT, lộ rõ nét biểu tượng qua màu trắng của vách tường xen giữa cấu trúc trung tâm bằng đá vàng nhạt. Tuy nhiên, hình ảnh trung tâm của GCT này lại tạo một ấn tượng đặc biệt nếu nhìn kỹ hơn. Nhìn tổng thể và sâu xa, hình Chén Thánh và Bánh Thánh lại trở nên như hình ảnh của một Thiên Chúa với áo choàng trắng, đang cúi mình xuống trên Bàn Thờ với hai cánh tay dang rộng, dường như muốn ôm trọn cả Cộng Đoàn dân Chúa vào trong vòng tay mở rộng của mình.
14 Chặng Đàng Thánh Giá có nét văn hóa Á Đông, hình mái ngói cong với từng viên ngói được chạm trỗ cách công phu và màu sắc nâu gụ rất hòa hợp với tông màu của các hàng ghế quỳ.
Nổi bật trong Thánh Đường là 132 hàng ghế dài ngắn khác nhau, có bàn quỳ màu đỏ gụ. Các ghế màu nâu đỏ được sắp xếp theo hình vòng cung, rãi ra khắp mọi nơi trongThánh Đường với chạm trổ thánh giá đơn sơ nhưng thanh nhã. Các hàng ghế quỳ sắp xếp theo cách thức hình vòng cung này làm cho ta có cảm giác như Thánh Đường rộng hơn, nhưng lại tạo nên một sự gần gũi, hiệp thông, quay quần với nhau nên một tổng thể duy nhất, quy hướng lên Bàn Thờ. Về số lượng, sức chứa của Thánh Đường có thể lên tới 1200 chỗ ngồi.
Cuối Thánh Đường là một Gác Lửng dành cho Ca Đoàn và có thể chứa khoảng 80 ca viên. Trên Gác có dàn âm thanh hiện đại cũng như máy móc chiếu Thánh Nhạc hiện trên hai màn chiếu lớn nằm ở hai vách phía ngoài GCT. Ngoài ra, với kỹ thuật IT cập nhật ngày nay, dàn máy này cũng có khả năng chiếu màn ảnh trực tiếp cho các khu vực ngoài Thánh Đường với mục đích dành cho những Buổi Lễ có con số đông đảo hay cho những nghi thức ngoài trời thí dụ Rước Kiệu Đức Mẹ hay Rước Kiệu Chúa Kitô Vua hằng năm.
Phần tiền đình của Thánh Đường nổi bật với một cấu trúc màu xanh dương bằng sắt có hình sóng vỗ như một nhắc nhở cho các thế hệ tương lai về lịch sử của các thuyền nhân Công Giáo Việt Nam. Họ là những người tiên phong hình thành Cộng Đồng và vẫn tiếp nối xây dựng ngôi Thánh Đường hiện có như là một nơi chốn thánh thiêng để thờ phượng Thiên Chúa và vinh danh Mẹ Maria, Mẹ của các Thuyền Nhân.
Thánh Đường bên trong có hình cánh quạt với nét văn hoá Việt Nam qua việc sử dụng các vật liệu từ tre trúc để làm nổi bật vòm của Gian Cung Thánh (GCT) có hình những tia sáng mặt trời lan tỏa từ trung tâm GCT ra tới cuối Thánh Đường. Thánh Giá Trung Tâm, Bàn Thờ, Ghế Chủ Tế, Bục Đọc Sách Thánh, hai toà tôn kính Đức Mẹ và Thánh Giuse, Giếng Rửa Tội... tất cả đều bằng gỗ màu nâu gụ, được thiết kế công phu và có màu sắc hòa hợp, không rườm rà nhưng làm nổi bật nét cổ kính và trang nghiêm của Bàn Thờ và Thánh Giá Trung Tâm.
Từ cuối Thánh Đường nhìn lên GCT, là hình ảnh Chén Thánh và Bánh Thánh được thiết kế trên vách tường trung tâm của GCT, lộ rõ nét biểu tượng qua màu trắng của vách tường xen giữa cấu trúc trung tâm bằng đá vàng nhạt. Tuy nhiên, hình ảnh trung tâm của GCT này lại tạo một ấn tượng đặc biệt nếu nhìn kỹ hơn. Nhìn tổng thể và sâu xa, hình Chén Thánh và Bánh Thánh lại trở nên như hình ảnh của một Thiên Chúa với áo choàng trắng, đang cúi mình xuống trên Bàn Thờ với hai cánh tay dang rộng, dường như muốn ôm trọn cả Cộng Đoàn dân Chúa vào trong vòng tay mở rộng của mình.
14 Chặng Đàng Thánh Giá có nét văn hóa Á Đông, hình mái ngói cong với từng viên ngói được chạm trỗ cách công phu và màu sắc nâu gụ rất hòa hợp với tông màu của các hàng ghế quỳ.
Nổi bật trong Thánh Đường là 132 hàng ghế dài ngắn khác nhau, có bàn quỳ màu đỏ gụ. Các ghế màu nâu đỏ được sắp xếp theo hình vòng cung, rãi ra khắp mọi nơi trongThánh Đường với chạm trổ thánh giá đơn sơ nhưng thanh nhã. Các hàng ghế quỳ sắp xếp theo cách thức hình vòng cung này làm cho ta có cảm giác như Thánh Đường rộng hơn, nhưng lại tạo nên một sự gần gũi, hiệp thông, quay quần với nhau nên một tổng thể duy nhất, quy hướng lên Bàn Thờ. Về số lượng, sức chứa của Thánh Đường có thể lên tới 1200 chỗ ngồi.
Cuối Thánh Đường là một Gác Lửng dành cho Ca Đoàn và có thể chứa khoảng 80 ca viên. Trên Gác có dàn âm thanh hiện đại cũng như máy móc chiếu Thánh Nhạc hiện trên hai màn chiếu lớn nằm ở hai vách phía ngoài GCT. Ngoài ra, với kỹ thuật IT cập nhật ngày nay, dàn máy này cũng có khả năng chiếu màn ảnh trực tiếp cho các khu vực ngoài Thánh Đường với mục đích dành cho những Buổi Lễ có con số đông đảo hay cho những nghi thức ngoài trời thí dụ Rước Kiệu Đức Mẹ hay Rước Kiệu Chúa Kitô Vua hằng năm.