1. Hàng năm Đức Giám Mục Nguyễn Văn Yến tổ chức khóa thường huấn cho các linh mục trong giáo phận. Các vị được mời đến giảng huấn là các Đức Cha của các địa phận khác.
2. Xây dựng tâm hồn và bổ túc kiến thức cho giáo dân là trong tâm hàng đầu của Giáo Phận Phát Diệm nên hàng năm Đức Cha cho tổ chức các lớp bồi dưỡng giáo lý, học hỏi các nguyên tắc điều hành giáo xứ, họ đạo. Các tham dự viên là các cụ chánh phó trương, chánh phó trùm, các giáo lý viên. Điều kiện vật chất để tổ chức các khóa học còn khiêm tốn nhưng tinh thần học hỏi của các tham dự viên rất cao. Tất cả chỉ muốn đem hết khả năng phục vụ Chúa, phục vụ giáo hội, giáo xứ và giáo phận.
2. Xây dựng tâm hồn và bổ túc kiến thức cho giáo dân là trong tâm hàng đầu của Giáo Phận Phát Diệm nên hàng năm Đức Cha cho tổ chức các lớp bồi dưỡng giáo lý, học hỏi các nguyên tắc điều hành giáo xứ, họ đạo. Các tham dự viên là các cụ chánh phó trương, chánh phó trùm, các giáo lý viên. Điều kiện vật chất để tổ chức các khóa học còn khiêm tốn nhưng tinh thần học hỏi của các tham dự viên rất cao. Tất cả chỉ muốn đem hết khả năng phục vụ Chúa, phục vụ giáo hội, giáo xứ và giáo phận.