Alojzije Stepinac chào đời ngày 8/5/1898 trong một gia đình thánh thiện và chăm chỉ làm việc. Cha mẹ ngài là ông bà Josip và Barbara Stepinac. Ngài là con thứ 5 trong gia đình có 8 người con. Gia đình ngài sinh sống tại Krasic, cách thủ đô Zagreb 40 cây số.
Thuở thiếu thời ngài đã chứng tỏ là cậu bé thông minh, lanh lợi và đạo đức. Khi lên lớp 6, ngài đã ghi danh ứng viên một chủng viện.
Năm 18 tuổi, ngày 28/6/1916, ngay khi vừa hoàn tất học trình Trung Học, ngài bị động viên vào quân đội Áo. Sau khi được huấn luyện sơ sài trong 6 tháng tại Rijeka, ngài bị gởi sang chiến đấu tại mặt trận Ý, gần Gorizia. Tháng 6/1918, ngài bị bắt làm tù binh tại mặt trận Piave River. Tuy nhiên, ngài nhanh chóng được trả tự do vì thuộc diện người Croat bị bắt lính, Tháng 12/1918, ngài về đến quê hương và đầu năm sau đó, ngài được giải ngũ.
Sau khi giải ngũ, ngài lại phải lao vào một cuộc chiến mới không kém phần gay go. Vốn dĩ rất đẹp trai, Alojzije Stepinac là giấc mơ của biết bao người con gái xứ Krasic. Lúc này ngài đang theo học tại đại học Zagreb nhưng chẳng bao lâu ngài phải bỏ học để giúp đỡ cho gia đình và cha ngài cũng ước muốn thấy ngài lập gia đình.
Mùa hè 1924, sau nhiều thao thức, ngài quyết tâm đáp theo tiếng Chúa gọi để tận hiến đời mình cho Chúa và Giáo Hội của ngài. Biết ngài là người tinh thông nhiều ngoại ngữ, Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer của Zagreb lập tức gởi ngài sang học tại Giáo Hoàng Học Viện Gregorian, Rôma.
Ngày 26/10/1930 ngài được thụ phong linh mục tại Rôma. Ngài đã làm lễ mở tay tại nhà thờ Santa Maria Magiore. Ðứng bên cạnh ngài là một bạn đồng học trẻ tuổi hơn, Franjo Seper, người sau này sẽ kế vị ngài trong chức vụ Tổng Giám Mục Zagreb, và tiếp đó là Hồng Y và là Bộ Trưởng Thánh Bộ Giáo Lý Ðức Tin tại giáo triều Rôma.
Tháng 7/1931, ngài về nước với hai bằng thủ khoa về Triết Học và Thần Học. Trong thời điểm này, chính quyền độc tài quân phiệt Nam Tư đang tìm mọi cách để triệt hạ Giáo Hội Công Giáo.
Trong tòa Giám Mục, ngài được cử giữ chức trưởng ban nghi lễ và một đôi khi cũng làm cha sở tạm thời cho các giáo xứ đang thiếu linh mục coi sóc. Ngày 23/11/1931, theo sáng kiến của ngài, Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer cho thành lập Caritas giáo phận. Sáng kiến này đã làm cho Giáo Hội thoát được thế cô lập, vươn tới và ôm ấp vào trong lòng mình bao nhiêu người nghèo khó và bao nhiêu người khốn khổ vì chiến tranh. Ðiều này đã mang biết bao nhiêu người đến với Chúa. Nhưng, đồng thời tên Alojzije Stepinac được viết vào trong sổ bìa đen của những kẻ đang toan tính triệt hạ Giáo Hội.
Ngày 28/5/1934, Ðức Giáo Hoàng Piô XI cử ngài là Giám Mục phụ tá Zagreb với quyền kế vị. Ba Mươi Sáu tuổi, chưa đầy 4 năm trong chức linh mục, ngài là Giám Mục trẻ nhất thế giới lúc bấy giờ. Ngày 24/6/1934, nhân ngày lễ kính thánh Gioan, ngài được tấn phong Giám Mục tại nhà thờ chính tòa Zagreb.
Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer đã già yếu nên trao cho ngài rất nhiều công việc trong giáo phận. Tên tuổi Ðức Giám Mục phó Alojzije Stepinac càng ngày càng nổi như cồn, đặc biệt trong lãnh vực truyền giáo. Giáo Hội Croat tại tổng giáo phận Zagreb được một thời hoàng kim hiếm có trong lịch sử. Ngày 7/12/1937, Ðức Cha Antun Bauer được Chúa gọi về và Ðức Giám Mục phó Alojzije Stepinac được cử làm Tổng Giám Mục Zagreb. Chỉ một thời gian ngắn sau, ngài được đề cử chủ tịch Hội Ðồng Giám Mục toàn Nam Tư.
Thấy trước sự lan rộng của chủ nghĩa Quốc Xã và chủ nghĩa Cộng Sản, ngài tổ chức rất nhiều các phong trào giáo dân. Ngài cải tổ sâu rộng Giáo Hội Nam Tư và chuẩn bị cho Giáo Hội chịu đựng được những ngày tháng đen tối sắp đến.
Về phụng vụ, ngài chú trọng đặc biệt đến vấn đề hội nhập văn hóa qua việc khởi xướng việc dịch toàn bộ Thánh Kinh sang tiếng Croat và các thứ tiếng khác thông dụng tại Nam Tư. Ngài cổ võ việc sáng tác các bài Thánh Ca bằng các ngôn ngữ địa phương cho các giáo hữu có trình độ văn hóa thấp. Ngài cổ vũ nồng nhiệt lòng yêu mến Bí Tích Thánh Thể và lòng sùng kính Ðức Mẹ. Ðặc biệt, ngài chú trọng đến việc truyền bá Chuỗi Mân Côi coi như là vũ khí quan trọng có tính sống còn cho người giáo dân trong khói lửa kinh hoàng của chiến tranh, trước đại họa tàn khốc của chủ nghĩa cộng sản và phát xít.
Ngài đặc biệt lưu tâm đến vấn đề thành lập các tổ chức xã hội cũng như các cơ quan ngôn luận Công Giáo để trình bày khuôn mặt đích thực của Giáo Hội và giải tỏa các dư luận bất chính chống lại Giáo Hội. Nhật báo Công Giáo đầu tiên Hrvatski Glas đã ra số đầu tiên năm 1938. Ngài cũng lập nhiều nhà dòng mới. Dòng Carmelite ở Croat đã ra đời trong thời gian này. Một luồng gió mới thổi vào Giáo Hội Nam Tư và đưa Giáo Hội đến một thời kỳ phát triển rực rỡ. Chỉ trong vài năm, chỉ tính riêng Zagreb, 14 giáo xứ mới được thiết lập.
Ðiều lo sợ cuối cùng đã đến. Năm 1939, Quân Ðức Quốc Xã xâm chiếm Nam Tư và tách Croat khỏi Nam Tư để thành lập một quốc gia độc lập (như ta thấy ngày nay). Lịch sử Croat ghi lại rõ ràng Giáo Hội Công Giáo mà cụ thể là Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac, chứ không phải Titô hay là bất cứ nhân vật cộng sản nào (lúc đó còn đang toan tính đi đêm với Quốc Xã để bảo tồn lực lượng) là người đầu tiên công khai và không chút sợ hãi đứng lên diễn thuyết và viết bài tố cáo chủ nghĩa Quốc Xã, sự phân biệt đối xử giữa các sắc dân, và tình trạng bách hại người bất đồng chính kiến. Ngài đã viết như sau vào tháng 3/1940, vài tháng sau khi Ðức Quốc Xã thôn tính Nam Tư để phản đối việc tử hình các tù binh: "Theo đạo đức Công Giáo, không bao giờ được phép giết người để trả đũa cho những việc người khác gây ra". Tháng 4/1941, quốc hội bù nhìn thông qua luật kỳ thị sắc tộc, ngài lập tức gởi thư phản đối nhà cầm quyền. Ngài bí mật ra lệnh cho tất cả các linh mục trong tổng giáo phận Zagreb phải bảo vệ người Do Thái, người Serb, người Gypsy, người Slovak, người Ba Lan và cả người cộng sản Croat bằng mọi giá. Thậm chí, chỉ thị của ngài có đoạn viết: "Các cha có thể rửa tội cho họ, cấp sổ gia đình Công Giáo cho họ mà đừng đặt ra bất cứ điều kiện nào hết cả, miễn sao là cứu được mạng họ. Sau này, khi thời kỳ nguy hiểm và điên loạn này qua đi, họ ở lại với Giáo Hội thì tốt, bằng không cứ để họ quay về với tôn giáo của họ". Tất cả các chủng viện, các giáo xứ được lệnh che dấu cho tất cả những ai đang bị nhà cầm quyền truy nã. Nhiều người cộng sản Nam Tư và Croat, còn chút liêm sỉ, sau này cũng nhìn nhận rằng họ đã thoát chết nhờ sự che chở của Giáo Hội Công Giáo. Nhưng tiếc rằng, như lịch sử đã chỉ ra, đa số họ là những người "ăn cháo đá bát", quay lưng lại tấn công Giáo Hội khi đã có quyền hành trong tay.
Ngày 25/10/1942 tại Vương Cung Thánh Ðường Zagreb, ngài giảng một bài hùng hồn tố cáo sự phân biệt đối xử của học thuyết Quốc Xã: "Mọi dân tộc và sắc dân trên trái đất, có quyền sống và có quyền được đối xử bình đẳng đúng phẩm giá con người. Không có phân biệt nào, dù là Gypsy hay các sắc dân khác, người da đen hay người Âu Châu, Do Thái hay Aryans đều có quyền thưa lên: 'Lạy Cha chúng con ở trên trời'. Và nếu như Thiên Chúa đã ban quyền là nghĩa tử của Ngài cho mọi người, nhà cầm quyền lấy cái lý gì để phủ nhận điều đó?"
Ðức Quốc Xã phản ứng bằng cách áp lực Tòa Thánh chuyển ngài ra khỏi Zagreb nhưng Tòa Thánh không đồng ý. Chúng bèn lập mưu ám sát ngài, nhưng kế hoạch chưa thực hiện xong thì Quốc Xã tiêu đời.
Cộng sản nhanh chóng chiếm chính quyền toàn Nam Tư và một lần nữa sáp nhập Croat vào. Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac lập tức bị coi là thành phần nguy hiểm của chế độ vì dân chúng ngưỡng mộ ngài như anh hùng dân tộc và không ngớt cao rao những việc làm can đảm của Giáo Hội Công Giáo dưới thời phát xít. Một số đảng viên cộng sản cũng hành động như vậy. Báo chí cũng tố cáo đảng cộng sản là "trốn chui, trốn nhủi, lặn kỹ chờ thời". Do đó, đảng cộng sản quyết định hành động khẩn trương để đàn áp chống đối.
Ngày 17/5/1945, cộng sản ra lệnh bắt ngài và phát động một chiến dịch quy mô chống Công Giáo và đặc biệt là Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac. Ðể cướp công kháng chiến, chúng vu cáo Công Giáo và các tổ chức quốc gia khác. Chúng bắt bớ hàng trăm ngàn người và giết hàng loạt để thị chúng.
Ðối với Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac, chúng không bắn bỏ nhưng chủ trương triệt hạ uy tín ngài trước. Ngày 4/6/1945, lãnh tụ cộng đảng là Titô đến gặp ngài trong nhà lao và trả tự do cho ngài. Tin này được nhà nước rêu rao cốt ý cho người ta hiểu lầm rằng ngài đã chịu khuất phục nhà nước rồi.
Tháng 9/1945, Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac triệu tập Hội Ðồng Giám Mục toàn Nam Tư và khẳng định Giáo Hội Nam Tư dứt khoát hiệp thông trọn vẹn với Tòa Thánh và không bao giờ chấp nhận dựng nên một Giáo Hội quốc doanh theo ý muốn của Titô. Kết thúc hội nghị, ngày 22/9/1945, Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac ra thư mục vụ mạnh mẽ lên án chính sách bạo lực và bất công mà đảng cộng sản đã theo đuổi từ trước và sau khi chấm dứt thế giới chiến tranh lần thứ hai. Ngài chỉ trích nhà cầm quyền cộng sản đang thực hiện một cuộc chiến chống lại các quyền tự do của nhân dân.
Ngày 4/11/1945, khi ngài dâng lễ tại Zapresic gần Zagreb, cộng sản cho đoàn viên thanh niên đến phá rối buổi lễ và ném đá ngài. Từ đó, lấy cớ bảo vệ ngài, chúng đã cho một trung đội công an trang bị vũ khí nặng đến "bảo vệ" cho tòa Giám Mục. Nói đơn giản là bỏ tù ngài ngay tại tòa Giám Mục.
Tuy nhiên, cách nào đó ngài vẫn viết được thơ mục vụ để điều hành tổng giáo phận Zagreb. Cho nên, ngày 18/9/1946 chúng bắt ngài lần thứ hai.
Ngày 30/9/1946, chúng đã đưa ngài ra tòa. Tại đây, ngày 3/10/1946, ngài đã làm phép lạ. Lòng can đảm và bất khuất của ngài đã soi chiếu ánh sáng cho cả những người tham dự cuộc xét xử ngài. Thậm chí hai trạng sư của nhà nước thay vì tấn công ngài đã quay ra bênh vực ngài và tố cáo ngược lại nhà nước. Sức mạnh của một vị thánh, lòng can đảm và anh hùng của ngài đã cải hóa tâm hồn hai trạng sư do nhà nước gởi tới.
Ngày 19/10/1946, ngài lãnh án tù cải tạo lao động tại Lepoglava, một vùng rừng sâu nước độc nguy hiểm đến nỗi có người khi nghe kêu án đi đày ở Lepoglava đã xỉu ngay tại chỗ. Nhà cầm quyền tin rằng không đầy một năm sau là ngài bỏ mạng. Nhưng không hiểu sao ngài vẫn sống. Do đó, theo lời tiết lộ sau này của vị bác sĩ trại cải tạo, nhà nước đã có kế hoạch đầu độc để ngài chết dần mòn. Tuy vậy, sau 1,864 ngày sống tại Lepoglava, ngài vẫn còn sống. Trước các áp lực quốc tế, ngày 5/12/1951, chúng quyết định biệt giam ngài tại Krasic, quê hương ngài.
Ngày 12/1/1953, Ðức Giáo Hoàng Piô XII tấn phong Hồng Y cho ngài nhưng ngài không sang Rôma vì biết nếu đi sẽ không có ngày trở về.
Trong thời gian đó, ngài chuyên tâm viết các thư mục vụ và chăm chú vào việc dịch thuật. Tổng cộng, ngài đã viết hơn 5,000 thư mục vụ gởi cho các Ðức Giám Mục, linh mục, tu sĩ nam nữ và anh chị em giáo dân. Hiện nay, Hội Ðồng Giám Mục Nam Tư còn giữ được 700 thư mục vụ của ngài như là bằng chứng hùng hồn về niềm cậy trông, phó thác tuyệt đối vào Thiên Chúa và cũng là một nguồn sử liệu cho việc viết lại giáo sử Croat, một Giáo Hội quá tang thương nhưng rất anh hùng trước đại họa cộng sản.
Từ Mùa Xuân 1953, do hậu quả của thuốc độc nhà nước bỏ vào thức ăn, nước uống của ngài tại Lepoglava, ngài thường xuyên bị những cơn đau đớn đến mức phải cúi gập người lại và có khi đau quá phải rên la nhiều giờ. Bác sĩ đề nghị đưa ngài đến bệnh viện nhà nước chữa trị. Tuy nhiên, ngài cắn răng chịu đau không để nhà nước lợi dụng xuyên tạc và không để ai hiểu lầm ngài đã cúi đầu khuất phục một chính thể tàn bạo và bất công. Ngài đã muốn không nên cớ vấp phạm cho ai.
Ngày 10/2/1960, Ðức Hồng Y Alojzije Stepinac kiệt sức vì đau đớn đã trút hơi thở cuối cùng trong tay Chúa để lại cho nhân dân Croat, nhân dân Nam Tư và mọi người trên thế giới một dấu ấn đạo đức đẹp đẽ.
Ngày 3/10/1998, Ðức Thánh Cha tuyên phong Ðức Hồng Y Alojzije Stepinac lên hàng chân phước tử đạo.
Theo Ðức Hồng Y tân cử Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận, cả những người cộng sản cũng phải phong thánh cho ngài. Nhật báo Người Quan Sát Rôma (L'Osservatore Romano) số ra ngày 13/02 tường thuật rằng trong thánh lễ kính nhớ chân phước Hồng Y Alojzije Stepinac tổ chức ngày 10/2/2001 vừa qua tại Rôma, Ðức Hồng Y Nguyễn Văn Thuận kể "Khi ngài chết, mộ của ngài đã được chuẩn bị trong một nhà thờ nhỏ ở Krasic nơi ngài bị cầm tù nhưng Titô đã bất thình lình ra lệnh đưa thi hài của Ðức Hồng Y về nhà thờ chính tòa Zagreb. Ông lý luận như sau: 'Nếu chúng ta cho chôn người ở Krasic thì mỗi ngày sẽ có năm ngàn người đến đó và chúng ta biến ngôi nhà thờ ở Krasic thành một đền thánh mới. Tốt hơn, chúng ta đưa người về nhà thờ chính tòa ở trung tâm thành phố Zagreb và năm ngàn người đến đó thì cũng chẳng ai để ý'. Một cách nào đó, những người cộng sản, kẻ thù của ngài, cũng phải cúi đầu nhìn nhận sự thánh thiện của ngài và tiên đoán được án phong chân phước cho ngài."
Thuở thiếu thời ngài đã chứng tỏ là cậu bé thông minh, lanh lợi và đạo đức. Khi lên lớp 6, ngài đã ghi danh ứng viên một chủng viện. Năm 18 tuổi, ngày 28/6/1916, ngay khi vừa hoàn tất học trình Trung Học, ngài bị động viên vào quân đội Áo. Sau khi được huấn luyện sơ sài trong 6 tháng tại Rijeka, ngài bị gởi sang chiến đấu tại mặt trận Ý, gần Gorizia. Tháng 6/1918, ngài bị bắt làm tù binh tại mặt trận Piave River. Tuy nhiên, ngài nhanh chóng được trả tự do vì thuộc diện người Croat bị bắt lính, Tháng 12/1918, ngài về đến quê hương và đầu năm sau đó, ngài được giải ngũ.
Sau khi giải ngũ, ngài lại phải lao vào một cuộc chiến mới không kém phần gay go. Vốn dĩ rất đẹp trai, Alojzije Stepinac là giấc mơ của biết bao người con gái xứ Krasic. Lúc này ngài đang theo học tại đại học Zagreb nhưng chẳng bao lâu ngài phải bỏ học để giúp đỡ cho gia đình và cha ngài cũng ước muốn thấy ngài lập gia đình.
Mùa hè 1924, sau nhiều thao thức, ngài quyết tâm đáp theo tiếng Chúa gọi để tận hiến đời mình cho Chúa và Giáo Hội của ngài. Biết ngài là người tinh thông nhiều ngoại ngữ, Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer của Zagreb lập tức gởi ngài sang học tại Giáo Hoàng Học Viện Gregorian, Rôma.
Ngày 26/10/1930 ngài được thụ phong linh mục tại Rôma. Ngài đã làm lễ mở tay tại nhà thờ Santa Maria Magiore. Ðứng bên cạnh ngài là một bạn đồng học trẻ tuổi hơn, Franjo Seper, người sau này sẽ kế vị ngài trong chức vụ Tổng Giám Mục Zagreb, và tiếp đó là Hồng Y và là Bộ Trưởng Thánh Bộ Giáo Lý Ðức Tin tại giáo triều Rôma.
Tháng 7/1931, ngài về nước với hai bằng thủ khoa về Triết Học và Thần Học. Trong thời điểm này, chính quyền độc tài quân phiệt Nam Tư đang tìm mọi cách để triệt hạ Giáo Hội Công Giáo.
Trong tòa Giám Mục, ngài được cử giữ chức trưởng ban nghi lễ và một đôi khi cũng làm cha sở tạm thời cho các giáo xứ đang thiếu linh mục coi sóc. Ngày 23/11/1931, theo sáng kiến của ngài, Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer cho thành lập Caritas giáo phận. Sáng kiến này đã làm cho Giáo Hội thoát được thế cô lập, vươn tới và ôm ấp vào trong lòng mình bao nhiêu người nghèo khó và bao nhiêu người khốn khổ vì chiến tranh. Ðiều này đã mang biết bao nhiêu người đến với Chúa. Nhưng, đồng thời tên Alojzije Stepinac được viết vào trong sổ bìa đen của những kẻ đang toan tính triệt hạ Giáo Hội.
Ngày 28/5/1934, Ðức Giáo Hoàng Piô XI cử ngài là Giám Mục phụ tá Zagreb với quyền kế vị. Ba Mươi Sáu tuổi, chưa đầy 4 năm trong chức linh mục, ngài là Giám Mục trẻ nhất thế giới lúc bấy giờ. Ngày 24/6/1934, nhân ngày lễ kính thánh Gioan, ngài được tấn phong Giám Mục tại nhà thờ chính tòa Zagreb.
Ðức Tổng Giám Mục Antun Bauer đã già yếu nên trao cho ngài rất nhiều công việc trong giáo phận. Tên tuổi Ðức Giám Mục phó Alojzije Stepinac càng ngày càng nổi như cồn, đặc biệt trong lãnh vực truyền giáo. Giáo Hội Croat tại tổng giáo phận Zagreb được một thời hoàng kim hiếm có trong lịch sử. Ngày 7/12/1937, Ðức Cha Antun Bauer được Chúa gọi về và Ðức Giám Mục phó Alojzije Stepinac được cử làm Tổng Giám Mục Zagreb. Chỉ một thời gian ngắn sau, ngài được đề cử chủ tịch Hội Ðồng Giám Mục toàn Nam Tư.
Thấy trước sự lan rộng của chủ nghĩa Quốc Xã và chủ nghĩa Cộng Sản, ngài tổ chức rất nhiều các phong trào giáo dân. Ngài cải tổ sâu rộng Giáo Hội Nam Tư và chuẩn bị cho Giáo Hội chịu đựng được những ngày tháng đen tối sắp đến.
Về phụng vụ, ngài chú trọng đặc biệt đến vấn đề hội nhập văn hóa qua việc khởi xướng việc dịch toàn bộ Thánh Kinh sang tiếng Croat và các thứ tiếng khác thông dụng tại Nam Tư. Ngài cổ võ việc sáng tác các bài Thánh Ca bằng các ngôn ngữ địa phương cho các giáo hữu có trình độ văn hóa thấp. Ngài cổ vũ nồng nhiệt lòng yêu mến Bí Tích Thánh Thể và lòng sùng kính Ðức Mẹ. Ðặc biệt, ngài chú trọng đến việc truyền bá Chuỗi Mân Côi coi như là vũ khí quan trọng có tính sống còn cho người giáo dân trong khói lửa kinh hoàng của chiến tranh, trước đại họa tàn khốc của chủ nghĩa cộng sản và phát xít.
Ngài đặc biệt lưu tâm đến vấn đề thành lập các tổ chức xã hội cũng như các cơ quan ngôn luận Công Giáo để trình bày khuôn mặt đích thực của Giáo Hội và giải tỏa các dư luận bất chính chống lại Giáo Hội. Nhật báo Công Giáo đầu tiên Hrvatski Glas đã ra số đầu tiên năm 1938. Ngài cũng lập nhiều nhà dòng mới. Dòng Carmelite ở Croat đã ra đời trong thời gian này. Một luồng gió mới thổi vào Giáo Hội Nam Tư và đưa Giáo Hội đến một thời kỳ phát triển rực rỡ. Chỉ trong vài năm, chỉ tính riêng Zagreb, 14 giáo xứ mới được thiết lập.
Ðiều lo sợ cuối cùng đã đến. Năm 1939, Quân Ðức Quốc Xã xâm chiếm Nam Tư và tách Croat khỏi Nam Tư để thành lập một quốc gia độc lập (như ta thấy ngày nay). Lịch sử Croat ghi lại rõ ràng Giáo Hội Công Giáo mà cụ thể là Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac, chứ không phải Titô hay là bất cứ nhân vật cộng sản nào (lúc đó còn đang toan tính đi đêm với Quốc Xã để bảo tồn lực lượng) là người đầu tiên công khai và không chút sợ hãi đứng lên diễn thuyết và viết bài tố cáo chủ nghĩa Quốc Xã, sự phân biệt đối xử giữa các sắc dân, và tình trạng bách hại người bất đồng chính kiến. Ngài đã viết như sau vào tháng 3/1940, vài tháng sau khi Ðức Quốc Xã thôn tính Nam Tư để phản đối việc tử hình các tù binh: "Theo đạo đức Công Giáo, không bao giờ được phép giết người để trả đũa cho những việc người khác gây ra". Tháng 4/1941, quốc hội bù nhìn thông qua luật kỳ thị sắc tộc, ngài lập tức gởi thư phản đối nhà cầm quyền. Ngài bí mật ra lệnh cho tất cả các linh mục trong tổng giáo phận Zagreb phải bảo vệ người Do Thái, người Serb, người Gypsy, người Slovak, người Ba Lan và cả người cộng sản Croat bằng mọi giá. Thậm chí, chỉ thị của ngài có đoạn viết: "Các cha có thể rửa tội cho họ, cấp sổ gia đình Công Giáo cho họ mà đừng đặt ra bất cứ điều kiện nào hết cả, miễn sao là cứu được mạng họ. Sau này, khi thời kỳ nguy hiểm và điên loạn này qua đi, họ ở lại với Giáo Hội thì tốt, bằng không cứ để họ quay về với tôn giáo của họ". Tất cả các chủng viện, các giáo xứ được lệnh che dấu cho tất cả những ai đang bị nhà cầm quyền truy nã. Nhiều người cộng sản Nam Tư và Croat, còn chút liêm sỉ, sau này cũng nhìn nhận rằng họ đã thoát chết nhờ sự che chở của Giáo Hội Công Giáo. Nhưng tiếc rằng, như lịch sử đã chỉ ra, đa số họ là những người "ăn cháo đá bát", quay lưng lại tấn công Giáo Hội khi đã có quyền hành trong tay.
Ngày 25/10/1942 tại Vương Cung Thánh Ðường Zagreb, ngài giảng một bài hùng hồn tố cáo sự phân biệt đối xử của học thuyết Quốc Xã: "Mọi dân tộc và sắc dân trên trái đất, có quyền sống và có quyền được đối xử bình đẳng đúng phẩm giá con người. Không có phân biệt nào, dù là Gypsy hay các sắc dân khác, người da đen hay người Âu Châu, Do Thái hay Aryans đều có quyền thưa lên: 'Lạy Cha chúng con ở trên trời'. Và nếu như Thiên Chúa đã ban quyền là nghĩa tử của Ngài cho mọi người, nhà cầm quyền lấy cái lý gì để phủ nhận điều đó?"
Ðức Quốc Xã phản ứng bằng cách áp lực Tòa Thánh chuyển ngài ra khỏi Zagreb nhưng Tòa Thánh không đồng ý. Chúng bèn lập mưu ám sát ngài, nhưng kế hoạch chưa thực hiện xong thì Quốc Xã tiêu đời.
Cộng sản nhanh chóng chiếm chính quyền toàn Nam Tư và một lần nữa sáp nhập Croat vào. Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac lập tức bị coi là thành phần nguy hiểm của chế độ vì dân chúng ngưỡng mộ ngài như anh hùng dân tộc và không ngớt cao rao những việc làm can đảm của Giáo Hội Công Giáo dưới thời phát xít. Một số đảng viên cộng sản cũng hành động như vậy. Báo chí cũng tố cáo đảng cộng sản là "trốn chui, trốn nhủi, lặn kỹ chờ thời". Do đó, đảng cộng sản quyết định hành động khẩn trương để đàn áp chống đối.
Ngày 17/5/1945, cộng sản ra lệnh bắt ngài và phát động một chiến dịch quy mô chống Công Giáo và đặc biệt là Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac. Ðể cướp công kháng chiến, chúng vu cáo Công Giáo và các tổ chức quốc gia khác. Chúng bắt bớ hàng trăm ngàn người và giết hàng loạt để thị chúng.
Ðối với Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac, chúng không bắn bỏ nhưng chủ trương triệt hạ uy tín ngài trước. Ngày 4/6/1945, lãnh tụ cộng đảng là Titô đến gặp ngài trong nhà lao và trả tự do cho ngài. Tin này được nhà nước rêu rao cốt ý cho người ta hiểu lầm rằng ngài đã chịu khuất phục nhà nước rồi.
Tháng 9/1945, Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac triệu tập Hội Ðồng Giám Mục toàn Nam Tư và khẳng định Giáo Hội Nam Tư dứt khoát hiệp thông trọn vẹn với Tòa Thánh và không bao giờ chấp nhận dựng nên một Giáo Hội quốc doanh theo ý muốn của Titô. Kết thúc hội nghị, ngày 22/9/1945, Ðức Tổng Giám Mục Alojzije Stepinac ra thư mục vụ mạnh mẽ lên án chính sách bạo lực và bất công mà đảng cộng sản đã theo đuổi từ trước và sau khi chấm dứt thế giới chiến tranh lần thứ hai. Ngài chỉ trích nhà cầm quyền cộng sản đang thực hiện một cuộc chiến chống lại các quyền tự do của nhân dân.
Ngày 4/11/1945, khi ngài dâng lễ tại Zapresic gần Zagreb, cộng sản cho đoàn viên thanh niên đến phá rối buổi lễ và ném đá ngài. Từ đó, lấy cớ bảo vệ ngài, chúng đã cho một trung đội công an trang bị vũ khí nặng đến "bảo vệ" cho tòa Giám Mục. Nói đơn giản là bỏ tù ngài ngay tại tòa Giám Mục.
Tuy nhiên, cách nào đó ngài vẫn viết được thơ mục vụ để điều hành tổng giáo phận Zagreb. Cho nên, ngày 18/9/1946 chúng bắt ngài lần thứ hai.
Ngày 30/9/1946, chúng đã đưa ngài ra tòa. Tại đây, ngày 3/10/1946, ngài đã làm phép lạ. Lòng can đảm và bất khuất của ngài đã soi chiếu ánh sáng cho cả những người tham dự cuộc xét xử ngài. Thậm chí hai trạng sư của nhà nước thay vì tấn công ngài đã quay ra bênh vực ngài và tố cáo ngược lại nhà nước. Sức mạnh của một vị thánh, lòng can đảm và anh hùng của ngài đã cải hóa tâm hồn hai trạng sư do nhà nước gởi tới.
Ngày 19/10/1946, ngài lãnh án tù cải tạo lao động tại Lepoglava, một vùng rừng sâu nước độc nguy hiểm đến nỗi có người khi nghe kêu án đi đày ở Lepoglava đã xỉu ngay tại chỗ. Nhà cầm quyền tin rằng không đầy một năm sau là ngài bỏ mạng. Nhưng không hiểu sao ngài vẫn sống. Do đó, theo lời tiết lộ sau này của vị bác sĩ trại cải tạo, nhà nước đã có kế hoạch đầu độc để ngài chết dần mòn. Tuy vậy, sau 1,864 ngày sống tại Lepoglava, ngài vẫn còn sống. Trước các áp lực quốc tế, ngày 5/12/1951, chúng quyết định biệt giam ngài tại Krasic, quê hương ngài.
Ngày 12/1/1953, Ðức Giáo Hoàng Piô XII tấn phong Hồng Y cho ngài nhưng ngài không sang Rôma vì biết nếu đi sẽ không có ngày trở về.
Trong thời gian đó, ngài chuyên tâm viết các thư mục vụ và chăm chú vào việc dịch thuật. Tổng cộng, ngài đã viết hơn 5,000 thư mục vụ gởi cho các Ðức Giám Mục, linh mục, tu sĩ nam nữ và anh chị em giáo dân. Hiện nay, Hội Ðồng Giám Mục Nam Tư còn giữ được 700 thư mục vụ của ngài như là bằng chứng hùng hồn về niềm cậy trông, phó thác tuyệt đối vào Thiên Chúa và cũng là một nguồn sử liệu cho việc viết lại giáo sử Croat, một Giáo Hội quá tang thương nhưng rất anh hùng trước đại họa cộng sản.
Từ Mùa Xuân 1953, do hậu quả của thuốc độc nhà nước bỏ vào thức ăn, nước uống của ngài tại Lepoglava, ngài thường xuyên bị những cơn đau đớn đến mức phải cúi gập người lại và có khi đau quá phải rên la nhiều giờ. Bác sĩ đề nghị đưa ngài đến bệnh viện nhà nước chữa trị. Tuy nhiên, ngài cắn răng chịu đau không để nhà nước lợi dụng xuyên tạc và không để ai hiểu lầm ngài đã cúi đầu khuất phục một chính thể tàn bạo và bất công. Ngài đã muốn không nên cớ vấp phạm cho ai.
Ngày 10/2/1960, Ðức Hồng Y Alojzije Stepinac kiệt sức vì đau đớn đã trút hơi thở cuối cùng trong tay Chúa để lại cho nhân dân Croat, nhân dân Nam Tư và mọi người trên thế giới một dấu ấn đạo đức đẹp đẽ.
Ngày 3/10/1998, Ðức Thánh Cha tuyên phong Ðức Hồng Y Alojzije Stepinac lên hàng chân phước tử đạo.
Theo Ðức Hồng Y tân cử Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận, cả những người cộng sản cũng phải phong thánh cho ngài. Nhật báo Người Quan Sát Rôma (L'Osservatore Romano) số ra ngày 13/02 tường thuật rằng trong thánh lễ kính nhớ chân phước Hồng Y Alojzije Stepinac tổ chức ngày 10/2/2001 vừa qua tại Rôma, Ðức Hồng Y Nguyễn Văn Thuận kể "Khi ngài chết, mộ của ngài đã được chuẩn bị trong một nhà thờ nhỏ ở Krasic nơi ngài bị cầm tù nhưng Titô đã bất thình lình ra lệnh đưa thi hài của Ðức Hồng Y về nhà thờ chính tòa Zagreb. Ông lý luận như sau: 'Nếu chúng ta cho chôn người ở Krasic thì mỗi ngày sẽ có năm ngàn người đến đó và chúng ta biến ngôi nhà thờ ở Krasic thành một đền thánh mới. Tốt hơn, chúng ta đưa người về nhà thờ chính tòa ở trung tâm thành phố Zagreb và năm ngàn người đến đó thì cũng chẳng ai để ý'. Một cách nào đó, những người cộng sản, kẻ thù của ngài, cũng phải cúi đầu nhìn nhận sự thánh thiện của ngài và tiên đoán được án phong chân phước cho ngài."