Vào tháng 8 năm 1996, Đức Hồng Y Joseph Bernadin, Tổng Giám mục giáo phận Chicago tuyên bố chương trình “Hòa đồng giữa người Công giáo”. Chương trình này là một cố gắng kết hợp mọi chia rẽ trong Giáo Hội Hoa kỳ, vì đó là sự rạn vỡ trầm trọng giữa những giáo dân bảo thủ và những giáo dân tự do phóng khoáng. Ngài kêu gọi mọi giáo hữu hãy đi thẳng vào vấn đề với “một cái nhìn mới mẽ, mở rộng tâm trí, và đổi mới tâm hồn.”
Sáng kiến của ngài được hoan hô nhiệt liệt nhưng cũng bị các phe phái chỉ trích kịch liệt. Đối với các sự kiện trên thì chẳng có gì xa lạ với Đức Hồng Y Bernardin. Khi còn là Giám mục ngài là người đã hăng hái cổ võ cho hòa bình, thăng tiến việc hòa đồng và hòa hợp. Ngài muốn cổ động và tiến hành chương trình càng sớm càng tốt vì bác sĩ cho biết là ngài bị bệnh ung thư gan đang thời kỳ bột phát và chỉ còn sống lâu lắm là trong vòng một năm. Ngài bày tỏ một cách chân thành, “Tôi cảm thấy rất bình an, với đức tin của tôi, tôi tin sự chết là một người bạn, người bạn này sẽ đưa tôi từ cuộc đời trần thế đến cuộc sống vỉnh cữu.”
Ngài là một trong những nhà lảnh đạo Giáo Hội Công giáo Hoa kỳ mà được nhiều người ngưởng mộ. Ngài được đề cử làm Giám mục năm 1966, lúc ngài mới 38 tuổi. Thi hành chức vụ trong thời kỳ có nhiều thử thách của Giáo Hội trước Công đồng Vatican II, ngài đại diện cho thế hệ Giám mục hưởng ứng tinh thần của Công đồng và quyết đem tinh thần của Phúc Âm áp dụng vào đời sống công cọng để mưu cầu ích lợi chung cho mọi người. Giáo Hội Hoa kỳ bắt đầu bước ra khỏi các xóm nghèo để vươn mình lên trong trào lưu chính của nếp sống người Hoa Kỳ. Ngài là con của một di dân người Ý nên ý thức được là phải làm thế nào để giúp cho thế hệ con cái người di dân hội nhập vào trào lưu chính của đời sống công cộng và xã hội Hoa kỳ.
Trước tiên ngài là Tổng Thư ký và sau đó là Chủ tịch Hội đồng Giám mục Hoa Kỳ. Ngài trở nên một khuôn mặt được báo chí và mọi người biết đến khi còn là Giám mục Cincinnati lúc ngài phổ biến thông điệp “Phản đối Chiến tranh” nhất là chiến tranh nguyên tử. Đó là một thông điệp lên án mạnh mẽ chính quyền trong các chính sách về quân sự. Tiếp đến ngài tỏ ra rất cương quyết trong việc đề cao “luân lý của sự sống”. Theo ngài thì Giáo Hội Công giáo Hoa Kỳ phải dấn thân tranh đấu chống lại mọi hình thức cướp đoạt sự sống quý báu của con người nhất là chống lại việc “phá thai”, chống án tử hình và chống việc trợ tử; đòi hỏi thực thi chánh sách công bình xã hội, giúp đở những người nghèo đói và những kẻ bơ vơ không nơi nương tựa. Ngài đã đề ra những nét chính mà các thành phần của Hội đồng Giám mục đều đồng thuận.
Vào năm 1982, ngài được đề cử làm Tổng Giám mục giáo phận Chicago, một chức vụ mà sau đó được nâng lên hàng Hồng Y khi mới 54 tuổi và từ đó ngài phải đối đầu với những khó khăn và những lời vu oan tố cáo hèn nhát mà ngài phải chịu đựng.
Thật là bàng hoàng khi có một số người đã trình bày những kinh nghiệm phũ phàng là có một số ít linh mục lạm dụng tình dục khi họ đang ở tuổi vị thành niên. Ngài là vị chủ chăn đầu tiên đưa ra những biện pháp giải quyết. Nhưng tháng 11 năm 1993 có một thanh niên bệnh hoạn đang được một y sĩ phân tâm học không có giấy hành nghề hướng dẩn đã vu oan cho Đức Hồng Y Bernardin là đã lạm dụng tình dục y khi y còn là chủng sinh ở Cincinnati. Ngài đã quyết liệt chối từ lời buộc tội vu vơ này, nhưng ngài tuyên bố là trường hợp của ngài cũng được điều tra kỷ càng như những các linh mục khác.
Lời buộc tội vu vơ chưa có bằng chứng nhưng các báo chí cũng như giới săn tin đã phổ biến rầm rộ. Những thù địch ghét ngài hy vọng đây là một cách hạ bệ làm nhục ngài dù chúng đang ẩn núp sau những chiếc mặt nạ đạo đức giả. Nhưng lời buộc tội này đã xoay chiều qua một hướng khác vì chỉ ba tháng sau, người thanh niên kia đã xin bải nại. Anh ấy thú nhận là trí nhớ anh không chính xác và anh đã công khai xin lỗi Đức Hồng Y Bernardin. Ngài đã âm thầm đến gặp người thanh niên này, y đang bị bệnh AIDS và sắp chết và ngài đã tha thứ cho anh ta. Dù ngài bị tiếng oan và bị hạ nhục ngài vẫn tiếp tục tiến hành việc tiếp xúc các nạn nhân bị lạm dụng tình dục.
Dân chúng chỉ nhận biết sự can đảm vượt bực và sự thánh thiện của ngài sau khi giới truyền thông phổ biến tin ngài bị bệnh ung thư trầm trọng. Ngài trở lại với công việc mục vụ đặt biệt là thăm viếng và an ủi những kẻ sắp chết. Ngài chấp nhận mọi oan ức nhục nhả như những phương tiện để tiến tới sự thánh thiện trong niềm hy vọng vào lời Chúa đã hứa. Đến tháng 9 năm 1996 sức khỏe của ngài tàn tạ thê thảm và ngài đã tuyên bố:
Là một Giám mục tôi đã đề ra một thông điệp về giá trị tuyệt đối của sinh mạng con người và chúng ta hết thảy đều có trách nhiệm chung là bảo vệ sự sống ấy. Cuộc sống của tôi đang tắt dần và cuộc sống tạm bợ của tôi đang leo lét từng giờ từng ngày. Tôi không lo âu nhưng chỉ chú tâm tới mầu nhiệm của đời sống con người, một món quà quí báu mà Thiên Chúa đã ban cho mỗi người chúng ta.
Trong tuần lễ cuối cùng khi ngài sắp lìa khỏi cuộc đời, ngài được tất cả mọi người không riêng gì người Công Giáo ngưởng mộ và kính yêu. Lòng can đảm, sự thanh thản an bình và lòng quảng đại bao la của ngài được giữ mãi cho đến giây phút cuối cùng, như một chứng nhân đức tin về Thiên Chúa, như một người tôi trung của Chúa Giêsu Kitô.
Đức Hồng Y Joseph Bernardin qua đời ngày 14 tháng 11 năm 1996.
Sáng kiến của ngài được hoan hô nhiệt liệt nhưng cũng bị các phe phái chỉ trích kịch liệt. Đối với các sự kiện trên thì chẳng có gì xa lạ với Đức Hồng Y Bernardin. Khi còn là Giám mục ngài là người đã hăng hái cổ võ cho hòa bình, thăng tiến việc hòa đồng và hòa hợp. Ngài muốn cổ động và tiến hành chương trình càng sớm càng tốt vì bác sĩ cho biết là ngài bị bệnh ung thư gan đang thời kỳ bột phát và chỉ còn sống lâu lắm là trong vòng một năm. Ngài bày tỏ một cách chân thành, “Tôi cảm thấy rất bình an, với đức tin của tôi, tôi tin sự chết là một người bạn, người bạn này sẽ đưa tôi từ cuộc đời trần thế đến cuộc sống vỉnh cữu.”
Ngài là một trong những nhà lảnh đạo Giáo Hội Công giáo Hoa kỳ mà được nhiều người ngưởng mộ. Ngài được đề cử làm Giám mục năm 1966, lúc ngài mới 38 tuổi. Thi hành chức vụ trong thời kỳ có nhiều thử thách của Giáo Hội trước Công đồng Vatican II, ngài đại diện cho thế hệ Giám mục hưởng ứng tinh thần của Công đồng và quyết đem tinh thần của Phúc Âm áp dụng vào đời sống công cọng để mưu cầu ích lợi chung cho mọi người. Giáo Hội Hoa kỳ bắt đầu bước ra khỏi các xóm nghèo để vươn mình lên trong trào lưu chính của nếp sống người Hoa Kỳ. Ngài là con của một di dân người Ý nên ý thức được là phải làm thế nào để giúp cho thế hệ con cái người di dân hội nhập vào trào lưu chính của đời sống công cộng và xã hội Hoa kỳ.
Trước tiên ngài là Tổng Thư ký và sau đó là Chủ tịch Hội đồng Giám mục Hoa Kỳ. Ngài trở nên một khuôn mặt được báo chí và mọi người biết đến khi còn là Giám mục Cincinnati lúc ngài phổ biến thông điệp “Phản đối Chiến tranh” nhất là chiến tranh nguyên tử. Đó là một thông điệp lên án mạnh mẽ chính quyền trong các chính sách về quân sự. Tiếp đến ngài tỏ ra rất cương quyết trong việc đề cao “luân lý của sự sống”. Theo ngài thì Giáo Hội Công giáo Hoa Kỳ phải dấn thân tranh đấu chống lại mọi hình thức cướp đoạt sự sống quý báu của con người nhất là chống lại việc “phá thai”, chống án tử hình và chống việc trợ tử; đòi hỏi thực thi chánh sách công bình xã hội, giúp đở những người nghèo đói và những kẻ bơ vơ không nơi nương tựa. Ngài đã đề ra những nét chính mà các thành phần của Hội đồng Giám mục đều đồng thuận.
Vào năm 1982, ngài được đề cử làm Tổng Giám mục giáo phận Chicago, một chức vụ mà sau đó được nâng lên hàng Hồng Y khi mới 54 tuổi và từ đó ngài phải đối đầu với những khó khăn và những lời vu oan tố cáo hèn nhát mà ngài phải chịu đựng.
Thật là bàng hoàng khi có một số người đã trình bày những kinh nghiệm phũ phàng là có một số ít linh mục lạm dụng tình dục khi họ đang ở tuổi vị thành niên. Ngài là vị chủ chăn đầu tiên đưa ra những biện pháp giải quyết. Nhưng tháng 11 năm 1993 có một thanh niên bệnh hoạn đang được một y sĩ phân tâm học không có giấy hành nghề hướng dẩn đã vu oan cho Đức Hồng Y Bernardin là đã lạm dụng tình dục y khi y còn là chủng sinh ở Cincinnati. Ngài đã quyết liệt chối từ lời buộc tội vu vơ này, nhưng ngài tuyên bố là trường hợp của ngài cũng được điều tra kỷ càng như những các linh mục khác.
Lời buộc tội vu vơ chưa có bằng chứng nhưng các báo chí cũng như giới săn tin đã phổ biến rầm rộ. Những thù địch ghét ngài hy vọng đây là một cách hạ bệ làm nhục ngài dù chúng đang ẩn núp sau những chiếc mặt nạ đạo đức giả. Nhưng lời buộc tội này đã xoay chiều qua một hướng khác vì chỉ ba tháng sau, người thanh niên kia đã xin bải nại. Anh ấy thú nhận là trí nhớ anh không chính xác và anh đã công khai xin lỗi Đức Hồng Y Bernardin. Ngài đã âm thầm đến gặp người thanh niên này, y đang bị bệnh AIDS và sắp chết và ngài đã tha thứ cho anh ta. Dù ngài bị tiếng oan và bị hạ nhục ngài vẫn tiếp tục tiến hành việc tiếp xúc các nạn nhân bị lạm dụng tình dục.
Dân chúng chỉ nhận biết sự can đảm vượt bực và sự thánh thiện của ngài sau khi giới truyền thông phổ biến tin ngài bị bệnh ung thư trầm trọng. Ngài trở lại với công việc mục vụ đặt biệt là thăm viếng và an ủi những kẻ sắp chết. Ngài chấp nhận mọi oan ức nhục nhả như những phương tiện để tiến tới sự thánh thiện trong niềm hy vọng vào lời Chúa đã hứa. Đến tháng 9 năm 1996 sức khỏe của ngài tàn tạ thê thảm và ngài đã tuyên bố:
Là một Giám mục tôi đã đề ra một thông điệp về giá trị tuyệt đối của sinh mạng con người và chúng ta hết thảy đều có trách nhiệm chung là bảo vệ sự sống ấy. Cuộc sống của tôi đang tắt dần và cuộc sống tạm bợ của tôi đang leo lét từng giờ từng ngày. Tôi không lo âu nhưng chỉ chú tâm tới mầu nhiệm của đời sống con người, một món quà quí báu mà Thiên Chúa đã ban cho mỗi người chúng ta.
Trong tuần lễ cuối cùng khi ngài sắp lìa khỏi cuộc đời, ngài được tất cả mọi người không riêng gì người Công Giáo ngưởng mộ và kính yêu. Lòng can đảm, sự thanh thản an bình và lòng quảng đại bao la của ngài được giữ mãi cho đến giây phút cuối cùng, như một chứng nhân đức tin về Thiên Chúa, như một người tôi trung của Chúa Giêsu Kitô.
Đức Hồng Y Joseph Bernardin qua đời ngày 14 tháng 11 năm 1996.